日本とペナンを結ぶ直行便はありません。クアラルンプール、シンガポール、バンコック、香港、台湾などで乗り継ぎが必要になります。マレーシア航空とシンガポール航空は便数が多く、毎日、成田からクアラルンプールとシンガポールに運行しています。日本航空は、クアラルンプール空港に便がありますが、全日空は、マレーシア航空と共同の運航便か、シンガポール便となります。バンコック-ペナン間は、格安航空会社で知られる、エア・アジアとタイ航空が運行しています。
成田空港や関西国際空港などから遠い場合は、前日に、空港近くのホテルなどに、宿泊する場合があります。空港近辺には、5,000円台で宿泊可能なホテルもあるので、探してみてください。また、インターネットで予約すると、割引になるホテルも多いです。
北海道などの地方からペナンへ向かう方は、大韓航空を利用するのがおすすめです。週3回、仁川空港からペナンへ直行便が運行されています。大韓航空とアシアナ航空は、仁川から日本の各地に便を飛ばしているので、うまくこのルートを使えば、前日に宿泊しなくても、ペナンへその日に行けます。また、仁川空港の中にはホテルがあるので、韓国に入国することなく宿泊できます。
日本では、年末や夏休みなどに、大幅に料金が上がります。また、注意が必要なのは、マレーシアの祝祭日と学校の休みの時です。特に、「中国正月」と「ハリラヤ・プアサ」（マレー正月）の前後には、ホテルの料金がかなり高くなるだけではなく、交通機関も混乱し、飛行機便を予約するのが難しくなります。
